Як і при описаному в попередніх розділах цієї лекції розвитку протягом коротких проміжків часу, довготривала еволюція екосистеми формується під впливом
1) алогенних (зовнішніх) сил, таких, як геологічні та кліматичні зміни;
2) автогенний (внутрішніх) процесів, обумовлених активністю живих компонентів екосистеми.
Перші екосистеми, що існували 3 млрд. років тому. були населені найдрібнішими анаеробними гетеротрофів, які існували за рахунок органічної речовини, синтезованого в абіотичних процесах. Потім пішло виникнення та популяційний вибух автотрофні водоростей, перетворившись відновну атмосферу в кисневу. Протягом тривалого геологічного часу організми еволюціонували і виникали системи, всі зростаючі за складністю та різноманітністю, які 1) могли контролювати атмосферу і 2) містили в собі всі більш великі і високоорганізовані види багатоклітинних. Вважається, що в межах цього компонента спільноти еволюційні зміни здійснюються головним чином шляхом природного відбору, який діє на видовому або більш низькому рівні. Проте можливо, що природний відбір на більш високих рівнях також відіграє важливу роль, особливо 1) сполучена еволюція, тобто взаємний відбір залежних один від одного автотрофами і гетеротрофів, і 2) груповий відбір, або відбір на рівні спільнот, який веде до збереження ознак, сприятливих для групи в цілому, навіть якщо вони несприятливі для конкретних носіїв цих ознак.